乙肝患者四处奔波，求医问药，花费巨大，治来治去，到底在治什么?有的人说“转阴”最重要，有的说治到肝功能正常就行了；有的说病毒携带者需要治疗，有的说不需要治疗，医师解释不一，患者心中更是茫然。治疗乙肝是一项系统的长期而又艰巨的任务，治疗目的是全面的，包括恢复患者的身体和心理两方面的健康。
1改进生活和工作质量，摆脱严重的心理障碍和压力。由于社会上普遍存在害怕和歧视乙肝患者的言行，乙肝患者承受的心理压力和痛苦要比乙肝对身体本身带来的伤害更为巨大，如何能够让乙肝患者从阴影中走出，恢复正常的生活和工作秩序，和常人一样生活，一方面要选择合适的药物治疗，另一方面一定要改善社会大环境，纠正对乙肝的种种误区，每个肝病医务工作者都有义务和权利进行乙肝科学常识的正面教育，疏导患者严重的心理障碍。有效的药物治疗和心理治疗可以减轻和消除患者的身体不适，愉快地生活和工作。
2持久抑制乙肝病毒复制，最终彻底清除所有的乙肝病毒指标是治疗乙肝的目的。根据目前医学科学水平，若想彻底治愈慢性乙肝，清除体内的乙肝病毒，尚不现实，现在最好的药物(如干扰素和拉米夫定等)仅能实现对乙肝病毒的短期抑制，用药期间乙肝病毒复制可能受到有效的抑制，一旦停药，病毒再次进入活跃复制状态，病情出现波动。目前治疗乙肝需采取客观实际的做法，治疗乙肝的短期目标是保持患者肝功能指标正常，抑制乙肝病毒复制，患者需要根据自己的病情，在医院进行治疗，不宜一味追求所有病毒指标转阴。如果慢性乙肝患者处于明显的炎症活动期，转氨酶升高，乙肝病毒指标呈“大三阳”，可以使用干扰素联合免疫增强剂治疗；如果患者长期肝功能异常，使用干扰素等治疗效果不佳，可以使用正确的保肝护肝药物，维持肝功能正常，例如甘利欣、肝得宁等。治疗乙肝的最终目标是彻底清除体内乙肝病毒，完全修复受损的肝组织，阻断肝硬化的发展过程，现在许多科研攻关正在朝着这个目标而努力，例如基因治疗、生物治疗、基因疫苗等，相信不远的将来，人类一定能够彻底战胜乙肝这一顽疾。
3消除肝脏组织炎症，恢复肝功能。肝脏处于炎症阶段，大量肝细胞损害或坏死，严重程度往往通过肝功能的变化反映出来，例如转氨酶、胆红素急剧升高，凝血酶原活动度迅速降低，标志着病情恶化，此时应该积极缓解和消除肝脏炎症反应，阻止肝细胞坏死，促进肝细胞再生，使用诸如促肝细胞生长素、甘利欣、人血清蛋白、血浆等药物，尽快恢复肝功能，控制病情发展。
4阻止病变向肝硬化、肝癌方向发展，改善预后。乙肝缠绵不愈，病变逐渐加剧，最终不良的后果就是导致肝硬化或肝癌发生，这也是患者最为担心的一个问题，要想阻断病变恶化的结局，需要综合治疗：合理使用药物、保障营养供给、心情愉快、起居有常。抗病毒治疗是阻断病情发展的第一关，抗肝纤维化治疗是防止肝硬化的必要环节，目前有效的抗肝纤维化药物不断涌现，如复方鳖甲软肝片、复方丹参、复方桃仁制剂等。
