目前我国乙肝抗病毒治疗的经验主要来自干扰素和拉米夫定。干扰素的疗程比较确定，在获得有效应答的情况下，一个疗程需要半年至1年，如果日后肝功能稳定，应答持久，可以获得长期效益；如果病情不稳定，可以考虑再次使用。拉米夫定的疗程须视患者的应答情况而做调整，一旦选择使用拉米夫定治疗，必须做好长期使用、不能擅自停药的思想准备。关于干扰素，除刚刚上市的长效干扰素(聚乙二醇化干扰素)还有待积累临床数据外，其疗程、疗效以及不良反应基本阐明。拉米夫定则仍留有较多的争议和探讨余地，拉米夫定的优势是患者的治疗应答率高，完全无应答的患者比例较低，但未达到血清转换的患者在终止拉米夫定治疗后有较高的复发率。因此，除了那些已经出现乙肝“大三阳”转为乙肝“小三阳”，并且乙肝病毒DNA持续阴性1年以上时间的患者，可以考虑停止治疗外，其他患者都需要长期连续应用拉米夫定治疗持续抑制病毒复制，即便是使用过程中，出现病毒变异和耐药情况，也不能擅自停药，可以联合或由其他有效抗病毒药物替代。
当前抗病毒治疗公认的治疗终点是乙肝“大三阳”患者治疗6个月后，在两次测量下均出现了乙肝病毒e抗原和e抗体转换，并且乙肝病毒DNA持续阴性，而对于HBeAg阴性(乙肝“小三阳”)合并乙肝病毒DNA阳性患者的治疗终点尚不明确，一般主张这些患者的疗程应该在3年之上。
但对于未达到治疗终点的病人的停药时机选择仍存在诸多争议。2003年亚太乙肝治疗共识认为，对于那些服用拉米夫定一年后HBeAg仍阳性的病人，需根据病人的临床及病毒学反应和疾病的严重程度做个体化分析后才决定停药或继续治疗。对于HBeAg阴性的病人，还无法确定理想的疗程，需根据病人的临床应答和肝病的严重程度来决定治疗终点。美国肝病学会则基于近年来的临床研究数据，在2004年刚刚颁布的乙肝治疗共识中首次提到了长期抗病毒治疗，特别是在失代偿或移植后病人中，应该坚持长期抗病毒治疗。
由此可见，抗病毒治疗的疗程，特别是核苷类治疗的疗程确实是一个难以下定论的问题，迄今为止，诸多肝病学术权威机构对此并未发表和颁布统一的意见，要求一切由临床医生根据具体情况来权衡抉择，这实际加大了用药的随意性和风险性。这也从另一方面反应了长期抗病毒治疗肯定存在优势，也有难以回避的问题。我国1999年正式批准拉米夫定上市，迄今为止，大约有20万的乙肝患者使用了拉米夫定，目前面临的实际情况就是何时能够停药的问题，这既包括疗效好的患者，也包括了那些疗效不理想的患者，无论谁停药，都有可能发生病情反弹，在没有更好的抗病毒上市前，正在服用拉米夫定治疗乙肝的患者最好不要擅自停药。
随着临床研究的深入进行，核苷类似物长期治疗的疗效以及面临的问题也渐为清晰。在乙肝病毒e抗原阳性慢性乙肝患者中，全球多中心试验显示拉米夫定长期治疗（3年以上）能显著增加e抗原血清转阴率，维持肝功能的长期稳定。即将上市的核苷类似物阿德福韦，对于服用拉米夫定引起乙肝病毒变异的突变株依然有效，但是阿德福韦一旦使用，依然是不能随意停药，停药后引起的后果也可能相当严重。
