从现有的乙肝病毒检测指标看，需要转阴的乙肝病毒指标是乙肝三系统中的三项抗原标记物，即乙肝病毒表面抗原(HBsAg)、乙肝病毒e抗原(HBeAg)、乙肝病毒核心抗原(HBcAg)，以及乙肝病毒脱氧核糖核酸(HBVDNA)，如果这些乙肝病毒标志物完全消失，则可以为乙肝获得彻底治愈。由于外周血液中没有游离的核心抗原，所以抽血检查尚无法了解到核心抗原的情况，这就给正确判断乙肝病毒转阴治疗带来了不少麻烦和困难。现在依靠乙肝核心抗体的检测来侧面推断乙肝病毒核心抗原的情况。如果化验结果为乙肝表面抗原、e抗原、核心抗体同时阳性，一般此时乙肝病毒脱氧核糖核酸也会阳性，肝功能多异常，表示病毒处于复制状态，传染性强，是进行抗病毒治疗(转阴治疗)的时机。如果经过治疗后，e抗原、HBVDNA转阴，则可认为抗病毒治疗疗效显著，如果其中一项转阴，说明有效，仍要继续抗病毒治疗，直到都转阴为止。如果患者检查结果为表面抗原、e抗体(抗HBe)、核心抗体(抗HBc)为阳性，乙肝病毒脱氧核糖核酸为阳性，依然认为病毒处于复制状态，有传染性，也需进行抗病毒治疗，直到乙肝病毒脱氧核糖核酸转阴为止。如果乙肝病毒指标仅为表面抗原阳性，e抗原及乙肝病毒脱氧核糖核酸为阴性，则不属于抗病毒治疗(转阴治疗)的范畴。简而言之，目前乙肝病毒的转阴治疗只是针对乙肝病毒e抗原、乙肝病毒脱氧核糖核酸这两项指标而言。对于乙肝病毒表面抗原(澳抗)尚无任何有效药物可言。
目前各种抗病毒药物只能抑制乙肝病毒复制，缓解肝脏的炎症活动，对于整合的乙肝病毒无作用，对于肝细胞核内乙肝病毒的超螺旋共价闭合环行脱氧核糖核酸(cccDNA)也无作用，故停药后cccDNA又重新成为病毒复制转录的模板，乙肝病毒脱氧核糖核酸可能再次恢复到用药前的水平。抗病毒药物联合免疫调节治疗可以减轻副作用，增强抗病毒效果，但总体疗效仍未有根本性改善。新的抗病毒治疗方法，如基因疗法、疫苗疗法、导向疗法仍处于实验研究阶段，尚未获得认可，因此，目前尚不存在能使乙肝病毒永久阴转的药物和疗法。
