现已发现，非酒精性脂肪肝可能有25%的人群肯定向肝硬化进展，并有10%的患者最后因肝相关的病因而死亡。还可能有50%的中老年患者会发生心脑血管病，甚至卒中而猝死。
2009年2月23日中华医学会肝病学会发表第三军医大学陈东风教授关于NAFLD的自然史的文章，内容如下。
（1）单纯性脂肪肝：单纯脂肪变性是NAFLD的开始阶段，通常可无任何症状。患者病程多缓慢，大多数患者并不进展至脂肪性肝炎、肝纤维化和肝硬化，通常预后良好。然而即使是预后良好的单纯性脂肪肝，亦不能视为静止性病变。
（2）非酒精性脂肪性肝炎：NASH是单纯性脂肪肝向NASH相关性肝纤维化和肝硬化发展的重要阶段。有学者随访3.8～5.9年，肝硬化发生率和肝病相关病死率分别是5%～8%和2%～8%。Anderson等荟萃分析1 515例病态肥胖患者肝组织学改变，其中80%有肝脂肪变，5%～63%有炎症，29%有肝纤维化，3%有肝硬化。Matteoni等发现，59例单纯性非酒精性脂肪肝患者10年内仅3%发生肝硬化，而73例NASH 5、10年肝硬化概率分别为15%和25%。年龄≥45岁、体重指数（BMI）≥28kg/m2、高三酰甘油血症、糖尿病、原发性高血压、胰岛素抵抗指数>5，以及ALT>2ULN和AST/ALT比值>1等指标为NASH并进展性肝纤维化的危险因素。Fassio等对106例NAFLD动态肝活组织检查显示，NASH患者肝病进展速率为0.059纤维化单位/年，约为慢性丙型肝炎的1／2（0.12纤维化单位/年），但重度NASH患者为0.28肝纤维化单位/年。在比利时Cotrim等报道的1 138例NAFLD患者中，41.3%合并代谢综合征，血清ALT、AST、GGT升高率分别为55.8%、42.2%、63.1%；其中371例有肝活组织检查资料，其中25.3%为单纯性脂肪肝，74.7%为脂肪性肝炎（NASH），71.2%患者有不同程度的肝纤维化或肝硬化。尽管10年内可能有15%～25%的NASH并发肝硬化，其中30%～40%最终死于肝细胞癌（HCC）、肝功能衰竭和移植肝复发。然而单纯性非酒精性脂肪肝发生NASH的概率可能仅有10%～20%。DamLarsen等研究417例肝活组织检查证实的单纯性脂肪肝，发生肝硬化的进程慢且概率低。Patrick对132例NAFLD患者做肝活组织检查，随访18年，原有肝坏死（有或无纤维化）的患者中，25%发展为肝硬化，11%因肝病死亡；原有肝纤维化的患者中80%发展为肝硬化，NAFLD是隐匿性肝硬化的最主要因素。
（3）NASH相关性肝纤维化和肝硬化、原发性肝癌（hepatocelluller carcinoma , HCC）：一般认为，一旦形成肝硬化，NAFLD的自然史则可能与其他原因导致的肝硬化相似。处于硬化期的NASH患者预后不良，9%～26%的患者可在随后的4～10年中死亡，绝大多数死因为终末期肝病。国内外研究者同时对NAFLD患者进行平均8年的随访中发现肝硬化的发生率是20%，HCC的发病率是1%，肝相关的病死率是9%。通过大样本的调查，在相近的随访时间内，肝硬化、HCC死亡的发生率分别是5%、3.1%。因此，作为NAFLD演变的最终阶段，NASH相关性肝纤维化和肝硬化的预后较差。
