神罗搞到一种代号为JENOVA的古代生物遗体，并用这东西做试验，企图培养出超级战士，萨菲罗斯，杰内西斯和安吉尔这三个人是最早的试验体其中杰内西斯和安吉尔属于失败个体，并且发生了严重的劣化，而萨菲罗斯是一个完美的个体，并且实力远在其他2人之上但是杰内西斯从小就品学兼优，并且最早知道这整个事件的来由，便不甘心因为一个试验使自己永远不及萨菲罗斯，于是他脱离神罗，利用自己可以自我复制的能力，企图从神罗那里得到JENOVA本体，来制止自己的劣化扎克斯奈德。
接下来是安吉尔，当他也知道自己的身世时，内心便充斥着矛盾，时而看似要向命运抗争，时而又仿佛向命运妥协，在已逐渐扭曲的心理驱使下，用自己残存的理智将曾经比生命看的还重的荣誉托付给了“爱徒”——扎克斯，并最终死去。而3人当中最后知道这些的萨菲罗斯更是彷徨，在图书室待了整整一个月之后，以经完全清楚了自己的来历的萨菲罗斯开始仇恨神罗，继而仇恨身边的所有人，变成了一个嗜血的恶魔，最后被扎克斯和克劳德合力杀死。
此时的克劳德便成了最后一个未劣化的古代种个体（不清楚C什么时候变成试验体的），神罗因为需要继续试验，所以开始了抓捕克劳德的行动，而克劳德在与SphirOth的战斗中身负重伤，在扎克斯的保护之下开始了逃亡之旅，最后2人终于遭遇了神罗的正规军，结果。
