这个问题其实可以分开来解答能够解答的更加清楚八旗是哪八旗，那就是清朝皇帝属于哪一旗和除皇帝以外的皇室属于哪一旗。
答案自然也是很简单，那就是皇帝不属于任何一旗，皇室哪一旗都有。
不过…………
好了，在不过之前我们首先来简单看一看什么是八旗。其实关于八旗制度的建立，很多人知道他是清太祖努尔哈赤当时为了满足“全民皆兵和社会组织生产”需要而建立的一套制度，随后在满族不断的壮大中逐渐发展成了后来我们所知道的以镶黄旗，正黄旗、正白旗为上三旗，以正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶白旗、镶蓝旗为下五旗的八旗制度。
关于演化细节我们就不在细说了，只是这里我们需要知道的是，在哪个旗，跟姓并没有关系。比如大家都知道清朝的皇帝姓爱新觉罗（氏），但是每一期都有爱新觉罗氏的人。
所以回到问题，上三旗无主，全部由清朝的皇帝直接管辖。下五旗每旗分佐领(外佐领)和府属佐领(内佐领)的隶属关系，其占主要部分的旗分佐领，但实际上其实也是由皇帝直接控制。
不过，由于镶黄旗是八旗之首，同时也是满清军事，经济，政治的绝对力量，虽然皇帝不属于任何一旗，但是满族的皇帝都会把自己归类到镶黄旗下，毕竟他还有一个称呼就是“镶黄旗佐领上”。
同理，虽然除皇帝以外的满清皇室在哪一旗都有，但是绝大多数是属于上三旗之一的，并且镶黄旗占据着权力巅峰，比如皇后等。
清朝八旗到底有什么来历？
由努尔哈赤建立的八旗制度，为大清开国奠定了强大的军事基础。
八旗制度最初起源于满洲（女真各部）的狩猎组织，因比较大规模的狩猎过程需要团队协作和统一指挥，为了组织协调又以旗帜为号令，逐步演化成军事组织。
明神宗万历十二年（1584年），出身建州左卫的努尔哈赤以黑旗为帜，开始兴兵，至万历十七年（1589年），明朝设在建州的三卫已由努尔哈赤全部统一，随着实力和人丁的不断增长，努尔哈赤另设红旗军由自己亲率，将原来的黑旗军交给胞弟舒尔哈齐指挥。万历二十一年（1601年）前后，努尔哈赤开始着手大规模整编旗军，规定300人为一牛录单位，5个牛录为一个甲喇单位，5个甲喇为一个固山单位，牛录是八旗中最小的单位，最大的单位就是固山（旗帜在满语中称为固山），分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领，改编后的各牛录单位分别编入黄、白、红、蓝四旗，以纯色为辨，至此八旗军的雏形开始形成。
万历四十三年（1615年）努尔哈赤在建州吞并了除叶赫部之外的所有女真各部，加之与蒙古的政治联姻也大获成功，因此实力大增，总兵力已达六万人左右，努尔哈赤开始又一次大规模整编旗军，将原来的红、白、黑三旗及所属牛录分为八个旗，原红旗改为正黄、镶黄；原白旗改为正白、镶白、正蓝三旗；原黑旗改为正红、镶红、镶蓝三旗。正四旗旗帜为纯色四方形，龙首朝后；镶四旗旗帜为五边形，黄、白、蓝三旗镶红边，红旗镶白边，龙首朝前。其中，正黄、镶黄旗旗主由努尔哈赤亲领，正红旗、镶红旗旗主是代善，正白旗旗主是皇太极，镶白旗旗主是杜度，正蓝旗旗主是莽古尔泰，镶蓝旗旗主是阿敏，满八旗制度完全成型。
至皇太极天聪九年（1635年）遍成蒙古八旗，到崇德七年（1642年）完成汉八旗的编制，至此，八旗制度日臻完善，此后虽有部分调整，或人事任命，或单位合编，但基本结构大致都沿袭了原有的基础。
八旗军在为满清政权的建立，立下了赫赫战功，但政权建立后，由于待遇优厚，日益颓废，以致现在成了吃喝玩乐、游手好闲的代名词。
