首先，注射乙肝疫苗前要做相关检查。
除新生儿外，一般人群接种前都应该检查血清HBsAg和抗-HBs。若二者均为阴性，就可以注射乙肝疫苗；若其中一项是阳性，则不需要注射。这是因为对于HBsAg阳性的人群来说，其体内极有可能已经有了乙肝病毒的感染，已经属于乙肝病毒无症状携带者或乙型肝炎患者，再注射乙肝疫苗显然太迟而没有意义。
之所以强调注射前先化验HBsAg，是因为有些慢性乙肝病毒携带者或轻型乙肝可能感染多年而不自知，在盲目注射乙肝疫苗后才去化验，一旦发现HBsAg阳性常常会误认为是乙肝疫苗注射导致了乙肝病毒的感染。为了避免这些不必要的麻烦，我们应当要求所有注射乙肝疫苗的人都先化验HBsAg，阴性者才给注射乙肝疫苗。而抗-HBs为阳性的人群，其体内已经有了乙肝病毒的抗体，在一定的时间内不会被病毒感染（3～5年），也不需要注射。
一般注射乙肝疫苗的方法是：分别在0、1、6个月注射乙肝疫苗10微克。但母亲是HBsAg单阳性的新生儿、HBsAg阳性者的密切接触者、高危医务人员以及无条件检查HBsAg的地区，应首次注射30微克，即分别是0、1、6个月注射乙肝疫苗30、10、10微克。母亲是HBsAg和HBeAg双阳性的患者容易发生垂直传播引起其子女发生HBV的感染，是目前发生乙肝感染的主要原因，而且这种感染往往容易慢性化。所以阻断乙肝病毒的母婴垂直传播对于控制乙肝的发病率具有非常重要的意义。防止母婴传播的最好方法是受乙肝病毒感染的孕妇在妊娠前三个月每月注射1支乙肝免疫球蛋白1毫升（折合200U），新生儿出生后主、被动联合免疫，12小时内注射乙肝免疫球蛋白（HBIg）0.5毫升（折合100U），同时不同部位注射乙肝疫苗，然后2、3、6个月分别注射乙肝疫苗10微克。
其次，注射乙肝疫苗时的事项：
（1）凡发热、严重感染及其他严重的全身性疾病者，应暂缓接种。
（2）新生儿第一针必须在出生后24小时内注射，若超过48小时后注射，则预防效果降低。出生后一个月仍未行注射者，则应先检测有关乙肝指标，证实未被感染者，可与乙肝免疫球蛋白（HBIg）合用。
（3）乙肝疫苗与其他疫苗如白百破、卡介苗、乙脑疫苗等同时接种，互相间无干扰作用。但有人认为若与麻疹疫苗同时接种，有可能降低麻疹疫苗的免疫效果，故二者最好分开接种。
（4）注射后局部应保持卫生，最好3天内不要擦洗，以免抓破引起局部感染。
（5）注射第3针疫苗后的1～3个月，应到医院检测保护性抗体（抗-HBs）水平，以判断免疫效果。若无效者，需要加强注射一次。
（6）凡对福马林或硫柳汞及其他药物过敏者禁用。
